Edificada en el siglo XIX e inaugurada el 9 de febrero de 1851, por la empresa ferroviaria Compañía del Ferrocarril de Madrid a Zaragoza y Alicante (MZA), es en la actualidad una de las estaciones más utilizadas en España por el tráfico de pasajeros que la emplean como punto de origen o de destino de sus viajes.
El día de su inauguración tuvo una pasajera de excepción, la reina Isabel II, con destino Aranjuez. Si tú también quieres viajar en tren o en Ave, como un rey o reina, con todas las comodidades que nos ofrece este medio de transporte, más la rapidez y puntualidad que les caracteriza, tenemos los billetes tren y billetes Ave más económicos del mercado.
En 1864, un incendio la devastó. En 1888 se inició la edificación de una nueva terminal, y tras 4 años de obras, la nueva estación se pudo abrir de nuevo al público el 8 de diciembre de 1892.
Comenzó como un embarcadero y en 1892 se amplió hasta convertirse en la denominada Estación del Mediodía.
Durante todo el siglo XX fue tal la demanda de pasajeros que se fueron incorporando nuevos edificios e instalaciones. Además, con el objetivo de adaptarse a nuevas velocidades ferroviarias, en 1992 la estación se ramifica en dos estaciones, una, la Estación Puerta de Atocha donde van a parar los trenes de alta velocidad y la mayoría de los de Larga Distancia, y la otra estación denominada Atocha-Cercanías, que recibe los trenes de Cercanías, Media Distancia, además hace las veces de intercambiador por su conexión con el metro y los autobuses.
Además se modificó de cara a implementar el Ave Madrid Sevilla en 1992 con motivo de la Expo de Sevilla.
El apeadero de la antigua estación se rehabilitó como el actual vestíbulo-jardín-invernadero que da acceso al resto de estaciones, con 500 especies distintas animales y vegetales.
En la historia reciente de la estación de Atocha tenemos todavía en mente el 11 de marzo de 2004, día en el que la estación fue protagonista de un atentado terrorista.
Hoy en día en cuanto a servicios de Cercanías tenemos los trayectos:
Madrid-Ávila, Madrid-Cuenca-Valencia, Madrid-Segovia, Madrid-Alcázar-Jaén/Ciudad Real, Madrid-Alcázar-Albacete y Madrid-Cáceres-Badajoz.
En larga distancia:
Madrid-Algeciras, Madrid-Barcelona, Trenhotel de Madrid a París y Trenhotel Madrid-Barcelona.
Y en Ave:
Madrid-Ciudad Real-Puertollano, Madrid-Málaga, Madrid-Albacete, Madrid-Valencia, Madrid-Sevilla, Madrid-Zaragoza-Lleida-Tarragona-Barcelona, Madrid-Toledo y Madrid-Zaragoza-Huesca.